1903 habilitierte Schmalenbach an der Handelshochschule Köln und gründete im Anschluss das Wirtschaftsarchiv an der Universität zu Köln, welches heute noch existiert. 1906 wurde er schließlich zum Professor berufen, und begründete damit die Betriebswirtschaftslehre als akademische Disziplin. Zeitgleich gründete er die „Zeitschrift für handelswissenschaftliche Forschung“, für die er anfangs die meisten Beiträge selbst schrieb. Als 1919 die Wirtschafts- und Sozialwissenschaftliche Fakultät der Universität zu Köln gegründet wurde, wurde Schmalenbach zum Direktor des neu geschaffenen Betriebswirtschaftlichen Seminars erklärt.
Seine akademische Karriere fand zu einer Zeit hochgradiger wirtschaftlicher Instabilität und politischer Polarisierung statt. Zwar waren die der Weimarer Republik verbundenen Professoren in der Kölner Professorenschaft relativ stark vertreten, rechtsextreme Kräfte gewannen jedoch auch hier zunehmend an Boden, ebenso in den schlagenden Studentenverbindungen. Im April 1933 war Köln die erste Universität, die sich selbst „gleichschaltete“. Aufgrund seiner Ehe mit einer Jüdin drohte ihm 1933 der Rauswurf aus der Uni, dem er durch Emeritierung zuvorkam. Auch die Deportation seiner jüdischen Frau verhinderte er, indem er sich mit ihr von 1944 bis zum Kriegsende bei Freunden versteckte.
Nach dem Krieg lehrte er wieder in Köln und äußerte sich in Vorträgen und Radioansprachen zu Wirtschaftsfragen. Schmalenbachs Bilanzlehre diente der Überprüfung der innerbetrieblichen Wirtschaftlichkeit. Einige seiner Schriften, darunter „Dynamische Bilanz“, wurden in mehrere Sprachen übersetzt. Viele seiner Schüler wurden Wirtschaftsprüfer und Schmalenbach sah seine Lehre stets im Dienst der Wirtschaft.
Für seine wissenschaftlichen Verdienste wurde Eugen Schmalenbach mit insgesamt sechs Ehrendoktorwürden ausgezeichnet. Die von ihm begründete betriebswirtschaftliche Forschung und Lehre legten den Grundstein für die besondere BWL-Tradition der Universität. Mit seinem Anspruch, betriebswirtschaftliche Erkenntnisse eng an den Bedürfnissen der Praxis auszurichten, gilt Schmalenbach bis heute als einer der einflussreichsten Wegbereiter der modernen Betriebswirtschaftslehre.